Die Entstehungszeit der Wirmsthaler Kirche ist unbekannt. Doch geht man davon aus, dass ein Pfründer einer Kirche oder eines Klosters schon vorher ein kleines Kirchlein hatte errichten lassen. Am 5. April 1603 wurde ins „Register über das Gefäll und das Einkommen“ eingetragen, dass ein Kirchlein im Jahre 1603 durch die Wohltätigkeit des Schultheissen Marx Seufert zu Wirmsthal erneut erbaut wurde. Das jetzige Gotteshaus wurde im Jahre 1823 errichtet. Auch entstand zu diesem Zeitpunkt der Wirmsthaler Friedhof. Die Filialkirche wurde, wie auch die Euerdorfer Mutterkirche, dem Heiligen Johannes dem Täufer geweiht. Auffällig ist, dass im Laufe des 19. Jahrhunderts zwei englische Figuren – der Heilige Thomas Morus und John Fischer - in die Wirmsthaler Kirche gebracht wurden. Der Altar, der mit dem Wappen des Würzburger Bischofs Johann Philipp von Greifenklau versehen ist, stammte aus dem Würzburger Kloster Unterzell und war seit der Kirchenrenovierung Anfang der 1970er Jahre der einzige Altar des Gebetshauses. Dr. Jürgen Lenssen entwarf im Jahre 2002 einen neuen Ambo und einen neuen Altar. Thorsten Lauer, ein Euerdorfer Steinmetz, fertigte diese aus Altmühltaler Jura-Marmor neu an. Am 15. September 2002 weihte Bischof Paul Werner Scheele diese ein.

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