Die heutige Kirche wurde zwischen 1609 und 1617 errichtet. Der Kirchturm aus dem 14. Jahrhundert wurde zu einem typischen Turm der Echterzeit um-gestaltet. Das Langhaus und der polygonale Chor entstanden im Jahr 1613.
Auf Grund steigender Einwohnerzahlen sowie der Eingemeindung Arnshau-sens nach Bad Kissingen stand zu Beginn der 1970er-Jahre eine Erweiterung des Kirchenbaues bevor. Nach Erstellung von Bauplänen des Münchner Architekten Erich Martin, dessen Mutter aus Arnshausen stammte, entschied man sich zu einer Verschmelzung beider Kirchenräume, um einerseits die vorhandene Bausubstanz zu bewahren und andererseits den Aufwand durch den Unterhalt zweier Kirchengebäude zu vermeiden. Die Bauarbeiten hierfür begannen am 2. August 1976.
Genau 14 Monate später, am 2. Oktober 1977, nahm der Würzburger Weihbi-schof Alfons Kempf die Weihe des Gotteshauses in seiner erweiterten Form vor.
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Von der Kirchenstiftung werden folgende Liegenschaften unterhalten:
Pfarrkirche St. Peter und Paul
Pfarrhaus
Pfarrheim St. Peter und Paul
Kindergarten
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